Zimují-li semena vlhká, musí se skladovat v nízkých teplotách, které brání vyklíčení. I přechodné zvýšení teploty často již nad 8 °C může způsobit velké ztráty klíčivosti, zvláště u našich rostlin, například stulíků, jejichž semena přezimujeme ve vlhku a chladnu, zabalená do mechu nebo zasypaná pískem. Při přezimování na sucho zabraňujeme klíčení nedostatkem vláhy, při zimování vlhkých semen nedostatkem teploty.
Zjara vyséváme semena vodních rostlin při teplotách 15 až 20 °C (u rostlin mírného až subtropického pásma) a při teplotách 25—28 °C (u rostlin z tropů).
Do hlubší vody (kolem 10 cm) vyséváme jen semena typicky submersních druhů (Ottelia, Barclaya, Nuphar). Obojživelné druhy vyséváme na povrch vlhkého písku, a teprve když semena vyklíčí a přichytí se podkladu, zaléváme je asi 1 —2 cm vrstvou vody. Je to vhodné například u druhů Bacopa, Limnophila, Myriophyllum, Sagittaria, u některých druhů rodu Echinodorus apod.
Mnoho vodních rostlin předpěstováváme jen emersně, tj. i po vyklíčení ponecháváme v nádobách jen vlhký písek, který zaplavujeme několikacentimetrovou vrstvou vody až v době, kdy semenáčky dosáhnou výšky kolem 5—8 cm. Tento postup je nejvhodnější pro většinu šípatkovců, například Echinodorus cordifolius, E. paniculatus, E. tenellus a další. U několika druhů je to jediný vhodný způsob rychlého vypěstování vzrostlých jedinců, např. u Samolus valerandii, Ammania, Ludwigia, Hygrophila atd.
Aponogetony jsou jediné rostliny, které předkličujeme. Jejich semena ponecháme po uzráni v měkké, nejlépe dešťové vodě při teplotách kolem 12—15 °C na dobu asi 1 až 2 měsíců. Pak jim zvýšíme teplotu asi na 25 °C a necháme je předklíčit. Semenáčky se stonkem dlouhým 2—2,5 cm, s listy a s dobře vytvořenými kořeny pak vysazujeme na dno mělké, světlé nádrže do písku a postupné jim zvyšujeme hladinu. Semena původních, nekřížených druhů aponogetonů ponecháváme v chladné vodě obvykle celou zimu, tj. od sklizně plné dozrálých semen až do jara, které ve sklenících pěstíren začíná v únoru.