V horských oblastech severně a jižně od amazonské nížiny se tedy setkáváme s proměnlivými podmínkami prostředí, což má za následek tzv. cykličnost vývoje rostlin. V době dešťů je období nevýrazného vegetačního klidu. Je vyvolané mechanicky stoupající vodou a pohybem zeminy, kterou unášejí povodně. Spolupůsobí nižší teplota a nedostatek světla, protože kalná voda propouští málo slunečních paprsků. Po přechodu záplav začínají kvést submersní rostliny, které současně s vývojem listů vyhánějí nad hladinu stonky s květy (Echinodorus) nebo tvoří plovoucí listy a květy (Cabomba). Obojživelné rostliny v té době vytvářejí listy, ale ještě nekvetou.
Později klesne hladina vody na 20—40 cm. V této době submersní rostliny již většinou odkvetly, květní stonky některých druhů počínají po uzrání semen zakořeňovat a nastává u nich období vegetativního rozmnožování. Obojživelné druhy naopak teprve vyhánějí květonosné stonky. To znamená, že na stejném stanovišti kvetou v etapách za sebou různé druhy rostlin. Tento jev označujeme jako cykličnost vývoje podle výšky vodního sloupce.
Jiné změny ve složení vegetace je možno pozorovat při okrajích lagun a mrtvých říčních ramen, kde formace tzv. savan přecházejí v bažiny, které dále přecházejí v mělké vody (litorály). Zde je vývoj rostlinstva mimořádně pestrý; druhové složení porostů se stále střídá, jedny druhy přibývají, jiné dočasně nebo trvale mizí. Rostliny zde rovněž velmi často mění tvar a velikost listů (tzv. listová mnohotvárnost). Na okrajích vod, na březích i v mělké vodě zde roste například Echinodorus quadricostatus, E. tenellus a různé druhy bahniček (Eleocharis). Směrem k pásmu savan se vyskytují různé bahenní árónovité rostliny nesnášející trvalé zaplavení, směrem k lagunám, již v mělké vodě rostou stolístky a heterantery a všude na hladině mělkých i hlubších stojatých vod plovoucí rostliny